2020年，时值风云气象卫星事业成立五十周年之际，国家航天局和中国气象局共同筹划设立“许健民气象卫星创新中心”（以下简称“创新中心”）。2020年9月，在观测司、科技司的组织下，国家卫星气象中心组织力量完成创新中心申报书的多轮编写和完善修订，并于2020年9月23日通过了国家航天局组织的答辩评审。10月9日，根据评审会上的专家意见完成修改并由科技司正式上报国家航天局（中气函﹝2020﹞155号）。2020年10月10日，创新中心正式揭牌成立。2020年12月29日，创新中心的申请获国家航天局和中国气象局正式批复（国航天﹝2020﹞6号）。中国气象局领导高度重视，要求2021年底前完成创新中心组建，明确运行管理机制（气办发﹝ 2021 ﹞ 1号）。2021年3月，中国气象局党组要求加快建设创新中心，试点探索依托国家级业务单位做强科研力量的“特区机制”。

创新中心以国家卫星气象中心为主依托单位，另两家依托单位为中国航天科技集团有限公司第八研究院和中国科学院上海技术物理研究所；成员单位有中国科学院国家空间科学中心、中国科学院长春光学精密机械与物理研究所、中国科学院合肥物质科学研究院、北京遥测技术研究所、南京信息工程大学、复旦大学和北京华云星地通科技有限公司。

创新中心要建设成为国家级的创新平台。主依托单位要组织联合其他依托单位和各成员单位在优势领域开展联合攻关和技术研发，集基础理论与应用研究于一体，汇聚和培养优秀科技人才，强力支撑风云气象卫星事业成为气象现代化建设的标兵，强力支撑风云气象卫星成为气象监测精密的标杆、预报精准的支柱、服务精细的典范。

创新中心实行主任负责制，同时建立理事会。设主任1名，由主依托单位提名或理事会推荐，经主管单位同意后由理事会聘任，报航天局备案。副主任分别由主依托单位或依托单位推荐，报理事会审核产生，任期一届五年，连任不超过两届。

理事会是创新中心的理事机构，可讨论和审议中心的发展战略和重大事项问题。理事会设理事长一名，副理事长一至二名。理事长由主依托单位提名，经理事会讨论通过后，由主依托单位报主管单位批准，并报航天局备案。副理事长由联合共建单位提名，理事会讨论通过后报航天局备案。

专家委员会是创新中心的技术指导机构，由名誉主任、主任、顾问委员和常务委员组成，聘任国内外知名相关领域专家组成专家委员会。

创新中心下设九个分部：管理办公室、资料预处理部、产品研发部、先进平台研究部、遥感仪器合作开放实验室、资料应用部、外场试验部、基础理论部、产业基地。

创新中心人员由固定和流动人员组成，主要来自国家卫星气象中心、上海航天第八研究院、中科院上海技物所、中科院空间中心、中科院长春光机所、中科院合肥物质研究院、北京遥测技术研究所、南京信息工程大学、复旦大学、华云星地通公司和成都信息工程大学等，通过项目、任务和“揭榜挂帅”方式，实现任务驱动下的人员流动与岗位管理，积极探索“产学研”一体的发展模式，建立与科研人员能力、贡献相匹配的薪酬分配制度。